Помимо научной, музейной и туристической базы вблизи поселения Аркаим, заповедник включает в себя 11 территорий в пределах Челябинской области, на которых расположены поселения и могильники синташтинской археологической культуры - «Страны Городов». На поселениях Кизильское, Куйсак, Сарым-Саклы (в Кизильском районе), Исиней (Варненский район), Журумбай, Устье, Каменный Амбар (Ольгино), Родники (все в Карталинском районе), Синташта (Брединский район), Степное (Пластовский район), Черноречье (Троицкий район) установлен режим заповедной территории. Эти памятники археологии являются достопримечательными местами Челябинской области и внесены в единый реестр памятников археологии Российской Федерации.

   Охрана и ежегодный мониторинг этих объектов – гарант для эффективного научного исследования археологов будущего и единственная возможность познакомиться с уникальными памятниками истории для отечественных и зарубежных туристов.

   Необходимость охраны памятников «Страны Городов» возникла сразу после их обнаружения. На многих территориях велись сельскохозяйственные работы (распашка и перевыпас скота), планировались стройки и добыча полезных ископаемых. К сожалению, не все поселения удалось спасти (например, полное затопление поселения Синташта – эпонимного памятника, давшего название всей археологической культуре). Удачным, даже уникальным, стал факт спасения укрепленного поселения Аркаим. Осознавая хрупкость историко-культурного достояния страны, сотрудники археологической экспедиции Челябинского госуниверситета при поддержке научной и широкой общественности, а также при деятельном участии руководства Челябинской области приложили все усилия для его сохранения. Территория была объявлена заповедной – поселение Аркаим и окружающая его долина реки Большая Караганка перешли в управление Ильменского заповедника им. В.И. Ленина как лесничество «Степное». Земли вокруг еще 11 поселений «Страны Городов» были переведены в государственную областную собственность, а памятники, расположенные на них зарегистрированы как достопримечательные места.

   Памятники Заповедника "Аркаим"

   Отделом руководит археолог - Макуров Юрий Сергеевич.

   Также функций Отдела заповедного режима является экологический мониторинг. 

   Начиная с 1994 г., времени создания Центра «Аркаим» (ныне историко-культурный заповедник), совместно с сотрудниками Челябинского государственного университета работники Отдела экологического мониторинга Центра Аркаим проводили природоведческие исследования на базе заповедника. Активное участие в этом принимали специалисты многих российских, и отчасти зарубежных научных организаций, в том числе Ильменский государственный заповедник (Миасс), Институт экологии растений и животных УрО РАН (Екатеринбург), Институт минералогии УрО РАН (Миасс), Институт степи УрО РАН (Оренбург), Институт физико-химических и биологических проблем почвоведения РАН (Пущино) и многих других.

   За это время специалистами Центра (а затем Заповедника) Аркаим и ЧелГУ И.М. Батаниной, Л.Л. Гайдученко, В.А. Гашек, В.В. Зайковым, А.М. Кисленко, А.И. Левит, Н.В. Левит, Н.П. Миронычевой-Токаревой, Д.А. Моисеевым, В.А. Мусатовым, Л.Н. Плехановой, А.М. Юминовым, Е.А. Чибилевым и другими, а также крупнейшими российскими исследователями в области палеогеографии Ю.А. Лаврушиным и в области почвоведения И.В. Ивановым и В.А. Демкиным, был выполнен комплекс работ, направленных на реализацию основной цели природоведческих исследований Заповедника – изучение исторической экологии. Задача исторической экологии – раскрыть содержание процесса взаимовлияния человеческих обществ и степной природы в ретроспективе и перспективе через призму исторического опыта.

   В настоящее время в отделе биологическим мониторингом заповедных территорий, в тесном контакте с Ильменским государственным заповедником занимается орнитолог В.А. Гашек. Исследуется динамика населения птиц основных биотопов заповедника «Аркаим» и его окрестностей в контексте сукцессионных и демутационных процессов, проводится мониторинг редких и угрожаемых видов птиц степных районов Челябинской области. 

   В.А. Гашек является координатором Союза охраны птиц России по степным районам Челябинской области. На базе материалов ее исследований на территории области выделены Ключевые орнитологические территории России международного значения, имеющих особую ценность для сохранения редких и исчезающих видов птиц: «Верховья рек Большая Караганка и Сынтасты», «Гора Чека», «Озеро Тулак», совместно с В.А. Коровиным – «Бирсуат». В 2005-2008 г. особенно важные результаты были получены в ходе исследований на озере Тулак и его в его окрестностях – на озерах Чекатай и Большой Каратай (Варненский район Челябинской области). Здесь обнаружены гнездовые группировки савки Oxyuraleucocephala – очень редкого вида, включенного в международную Красную книгу, подготовлены материалы по проекту организации зоологического заказника регионального значения.